يمثل التعليم العالى مكونا بالغ الاهمية داخل منظومة التعليم المصرى ويشمل 24 جامعة حكومية بها 450 كلية و26 جامعة خاصة بها 162 كلية بالاضافة الى 158 معهد عالى ، ويدرس بهذه الجامعات والمعاهد اكثر من 2.7 مليون طالب، وتعمل الهيئة ومن خلال قطاع التعليم العالى الى نشر ثقافة الجودة والاهتمام بالتقدم للاعتماد داخل مؤسسات التعليم العالى ، وتوفير التدريب اللازم لتنمية قدرات العاملين به، وتقديم الدعم الفنى اللازم لاعداد هذه المؤسسات للتقدم للحصول على الاعتماد وفقا لمنظومة متكاملة من المعايير التى تتوافق مع المعايير الدولية وتحافظ على الهوية الوطنية وصولا الى بناء الثقة فى المنتج التعليمى المصرى محليا ودوليا.
